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乳腺癌GWAS在日本引发新风险位点

来自日本的一个研究小组已经追踪并验证了该人群中两个新的乳腺癌风险位点,将这些变异折叠成路径、功能和风险评分分析,目的是更好地了解该人群中乳腺癌的风险。

“据我们所知,[这项研究]是迄今为止规模最大、功能最强大的全球工作评估系统,其目的是调查基因结构,并评估日本人群中乳腺癌的常见基因风险模型,”通讯作者和合著者Siew Kee Low,一位隶属于日本癌症研究基金会癌症精密医学中心和里肯综合医学科学中心的研究员和她的同事写道。

通过一项涉及7700名日本乳腺癌患者和23300名来自同一人群的未受影响女性对照者的全基因组关联研究,研究人员缩小了9个已知的风险位点,以及3号染色体上ALCAM和CLIC6-RUNX1基因附近两个以前未被重视的风险变体,以及多巴胺受体信号和蛋白质氨基酸去乙酰化途径中基因及其周围变异的更广泛的过度表达。他们的发现发表在今天的科学报告网上。

研究小组解释说,几十个先前的GWAS已经在欧洲、东亚和其他人群的基因组中的70个位点发现了导致乳腺癌风险的常见变异,尽管由于等位基因频率、连锁不平衡模式的差异,这一系列的风险变异在不同人群中似乎有所不同,环境相互作用等等。
更普遍地说,作者建议,“研究表明,开展区域性GWAS以确定与复杂疾病相关的特定遗传风险因素的重要性,这有助于在区域临床环境中更好地进行风险评估。”

通过从日本生物银行提取样本,研究人员为6669例乳腺癌患者和21930名女性对照者生成了基于Illumina阵列的基因型,并通过对东亚个体可用的基因组序列进行插补进一步充实。
除了这些病例和对照组中与乳腺癌无显著关联的已知风险变异外,研究小组还发现了12个与2、3、5、6、10、12、16和21号染色体上11个位点的多个乳腺癌亚型有独立的、全基因组显著关联的变异。
研究人员指出,在一项包括发现队列的荟萃分析中,这些位点在另外981名日本乳腺癌患者和1394名没有和仍然与乳腺癌相关的患者中具有可比的效应大小,尽管仅在验证组中,这些位点的风险变量并没有达到统计显著性。
除了强调多巴胺受体和氨基酸去乙酰化途径在乳腺癌中明显作用的途径分析外,研究小组还发现了一个危险单核苷酸多态性的表达数量特征位点,这似乎降低了乳腺组织中CASP8和ALS2CR12等基因的表达,基于GTEx数据库中的信息。

此外,通过将研究中发现的所有12个与乳腺癌相关的单核苷酸组合在一起,研究人员表明,使用加权多基因风险评分可以区分处于乳腺癌特别高风险或低风险的日本个体。特别是,他们估计,携带乳腺癌相关等位基因数量最多的群体中的个体,其患乳腺癌的风险几乎是其基因组中风险SNP最少的人群的四倍。
基于由加权风险评分定义的五个组,作者建议“与最高风险组相比,被分类在最高风险组中的个体是患乳腺癌的可能性的大约3.7倍。”

原创文章,作者:温大人,如若转载,请注明出处:https://www.dnanews.cn/international/33509.html

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